Jméno Polná někteří ( Antonín Profous) odvozují jako adjektivum od pole ve významu obdělávaný pozemek. Jiní zase od slov polní hlídka, polom (vymýcení lesa) či plamen ( žďáření ). Již od první zmínky o Polné v roce 1242 se používá převážně název Polná, pouze v letech 1542 a 1547 je zaznamenána německá podoba Polnau. Objevují se i názvy Polnau, Polmna či Polm.
Polná vznikla jako trhová ves a zastávka na Haberské stezce v první čtvrtině 13. století. Nejstarší osídlení pravděpodobně bylo v místech, kde je dnes Sezimovo náměstí . Tvořilo ho zhruba deset až dvacet menších nadzemních i polozahloubených obydlí srubové či kůlové konstrukce s dalším hospodářských příslušenstvím. Podle archeologických nálezů lze ale usuzovat, že zdejší osídlení je starší. V místech Sezimova náměstí byl nalezen hrnec zdobený na podhrdlí rytou vlnovkou, který pochází z přelomu 12. a 13. století. V roce 1856 byla na Horním Městě nalezena dvouuchá amforka , kamenná sekerka, sekeromlat z kultury se šňůrovou keramikou ( 3. tisíciletí př. n. l. ) Roku 1862 byl pak na východním okraji města mezi Ochozským potokem a silnicí do Záborné nalezen depot antických mincí – čtrnáct tetradrachem , které byly raženy v Alexandrii z billonu , pocházejí převážně z 2. století n. l. Na aversu se nacházejí hlavy římských imperátorů (Phillip Arabs, Tacitus, Claudius II. Gothikus, Probus, Diocletianus, Masimianus). Při hloubení sklepů měšťanského pivovaru v Komenského ulici se našly pozůstatky šňůrové keramiky, v Kleštěru byzantský kamenný křížek.
V polovině roku 1242 král Václav I na hradě Křivoklát potvrdil majetkovou listinu Jana I. z Polné. Jan z Polné je tedy prvním, písemně zaznamenaným majitelem Polné. Byl to také on, kdo započal se stavbou hradu.
Polná se pak vyskytovala v majetku řady rodů. Například i pánů z Lipé . Polnou vlastnili i páni z Pinrkštejna a Sezimové . V roce 1463 vlastnil Polnou i přímý potomek krále Jiřího z Poděbrad Viktorín z Poděbrad . Za válek proti Matyáši Korvínovi se podařilo zmocnit se Polné Janovi ze Štenberka .
Po různých tahanicích, strkanicích, splátkách dluhů a podobně se Polná dostala do rukou Trčků . V roce 1551 na dolním předměstí vypukl požár, který prudký vítr rozšířil i do města, které kompletně vyhořelo. V té době bylo v majetku rodiny Karla z Valdštejna . Po novém vybudování města, to získalo renesační podobu. Do bitvy na Bílé hoře byly o Polnou tahanice mezi příbuznými Valdštejnů a rodem Zachariáše z Hradce . Po Bílé hoře a následných zmatcích nakonec Polná skončila v rukou kardinála Františka z Ditrichštejna a nastal nekompromisní rekatolizace celé oblasti.
Během třicetileté války vyplenili Polnou švédští vojáci, kteří obléhali Jihlavu.