Název obce se vyvíjel od varianty Minus Czierequicz (1352), Czirkquicz (1358), Czyerkwicz minus (1367), Czirckwicz (1369), Nowenstift (1370), Newenstift (1373), Czierquicz Rinssonis (1376), Noua Czierkwicz Rynssonis (1379), magno Newstift (1384), Czirkwicz minus (1385), Czrqwicz, Newstift (1403), Czyerkow Rynsonis (1415), Niemeczka Czerekwicze (1558), Unter Czrekwe, Dolnj Czerekwe, Teuto Cerequicium, Deutsch Czerekwe (1790), Cerekvice dolní (1854) až k podobě Dolní Cerekev v roce 1886. Obec se původně nazývala Menší Cerekvice. Název je odvozen od staročeského cierkvicě neboli dřevěný chrám. Dříve se rovněž nazývala Neustift (nově obydlené území) či Německá Cerekev (podle německého obyvatelstva). Přívlastek dolní sloužil k odlišení od Horní Cerekve
Obec Dolní Cerekev byla s nejvyšší pravděpodobností založena v roce 1224 patrně biskupem Pelhřimem . Zpočátku se jí říkalo Německá Cerekev, protože většinu obyvatelstva tvořili Němci. Václav Leskovec z Leskovce, člen významného jihočeského rodu, získal obec v roce 1451 od krále Jiřího z Poděbrad. Leskovci vybudovali tvrz o niž je první zmínka z roku 1552 a dvě brány k výběru mýta. V té době také obec získala svůj erb. Rod Leskovců povýšil obec na městečko. I když městečko bylo uzavřeno dvěma bránami, přesto mělo zemědělský charakter.
Po bitvě na Bílé hoře získává v roce 1623 Cerekev opět pražské arcibiskupství. Tomu Cerekev pak patřila až do roku 1918.
Obrovský požár, kteráý obec zachvátil v roce 1768 zničil její velkou část. Samozřejmě, že se obci nevyhýbaly ani velké epidemie. Epidemie cholery, která vypukla v roce 1832, si vzala uza oběť přes 100 cerekevských občanů.
V polovině 18. století byla v obci zřízena obecná škola pro kterou byla v roce 1825 postavena nová školní budova (v současnosti obecní úřad).
Význam obce vzrostl, když v roce 1887 byl zahájen provoz na železnici Jihlava- Veselí nad Lužnicí . Původně totiž měla být v Cerekvi hlavní zastávka, která je ale dnes v Kostelci. Kvůli odporu místních sedláků však zde byla zřízena pouze osobní zastávka. Mnohem později (v roce 1915) k ní přibylo i nákladní a skladové stanoviště.
Po první světové válce, s rozvojem celé republiky, se obec začala velmi rychle modernizovat. Promítání místního kina začalo už v roce 1928 a od roku 1937 byla obec dokonce plně elektrifikována.
Do dějin obce se samozřejmě zapsala druhá světová válka. Především dvěma důležitými událostmi. V únoru 1945 byl proveden nálet spojeneckých letců na místní železniční most a 9. dubna 1945 byl poblíž drážního domku zastřelen německou hlídkou ruský zajatec. Rudá armáda dorazila do obce 10. května 1945.
V roce 1960 projíždějící tank silně poškodil solní bránu, a tak musela být o rok později zbourána. Druhá brána byla zbourána už v roce 1850. V této době opět dochází k další modernizaci obce. Bylo postaveno zdravotnické středisko, kulturní dům, místní rozhlas atd. Od 1. dubna 1980 byla Dolní Cerekev společně s Novým Světem a Spělovem sloučena v jednu obec. 10. října 2006 byl obci vrácen status městyse .